ملوانان شاغل در ناوگان کشتیرانی جمهوری اسلامی ایران به دو گروه تقسیم می‌شوند؛ گروه اول ملوانان، نیروهای رسمی و قراردادی هستند که حقوق و مزایای خود را در دوران مأموریت دریایی یا فراغت از مأموریت، به صورت مستقیم از شرکت کشتیرانی جمهوری اسلامی ایران دریافت می‌کنند.

گروه دوم شامل ملوانانی هستند که با یکی از شرکت‌های تأمین کننده نیروی انسانی طرف قرارداد هستند، بنا بر نیاز ناوگان به استفاده از این بخش از نیروی انسانی در ماموریت‌های دریایی، آنها را از وضعیت در حالت انتظار یا همان استندبای فراخوانده و به مأموریت دریایی اعزام می‌شوند.

بر این اساس، مطابق با روندی که در شرکتهای فعال در حمل بار دریایی قابل مشاهده است، بخشی از ملوانان با توجه به داشتن قرارداد با شرکتهای تامین نیروی دریایی، روی کشتی‌ها از جمله کشتیهای کشتیرانی جمهوری اسلامی حضور می‌یابند که با توجه به اینکه این گروه از ملوانان، به صورت مستقیم با کشتیرانی جمهوری اسلامی ایران یا شرکت‌های تابعه آن قراردادی ندارند؛ بنابراین صرفاً در دوران مأموریت دریایی خود، از حقوق و مزایای قانونی بهره‌مند می‌شوند.

این گروه از ملوانان، با توجه به مدت مأموریت دریایی، به مرخصی یا همان ریکاوری رفته و پس از پایان دوره انتظار، مجدد به دریا اعزام می‌شوند؛ ضمن اینکه این دسته از ملوانان، مشمول انعقاد قرارداد سفری شده و پس از پایان مأموریت دریایی خود، سنوات و عیدی خود را نیز به تناسب مدت خدمت، دریافت می‌کنند.

از آنجا که دریانوردان در رده‌های مختلف بخشی از سرمایه عظیم انسانی مورد توجه این شرکت به شمار می‌روند، تلاش شده تا با برنامه‌ریزی جدید، ملوانان سختکوش طرف قرارداد با شرکت‌های خارج از گروه کشتیرانی جمهوری اسلامی ایران، بر اساس شاخص‌های کارآمدی، آموزش، سابقه و مواردی از این دست تبدیل وضعیت شوند که شرایط آن به زودی اعلام خواهد شد تا دغدغه این قشر از نیروی دریایی ارزشمند گروه کشتیرانی جمهوری اسلامی ایران نیز برطرف شود.

کشتیرانی جمهوری اسلامی ایران به ‌عنوان خط مقدم نبرد اقتصادی که متحمل هزینه‌های فراوان در دوران تحریم‌های ظالمانه علیه کشورمان شده است، در دو سال اخیر مبنای محاسبه حق مأموریت دریانوردان خود را نزدیک به 300 درصد افزایش داده‌ و تلاش می‌کند تا با راهکارهای قانونی و دریافت مجوزهای لازم دغدغه‌های دریانوردان را برطرف کند.