بر اساس این بخشنامه، محموله‌های وارداتی متعلق به سازمان انرژی اتمی و موسسات تابعه آن همچون گذشته و بر اساس ماده (۱۵) سازمان انرژی اتمی، از پرداخت حقوق گمرکی و سود بازرگانی معاف هستند اما مالیات ارزش افزوده مشمول آنها می‌شود.

پیش از این موضوع «شمول یا عدم شمول مالیات بر ارزش افزوده به محموله‌های وارداتی متعلق به سازمان انرژی اتمی و موسسات تابعه» محل اختلاف میان سازمان امور مالیاتی و سازمان انرژی اتمی بود که در نهایت با رای معاونت حقوقی ریاست جمهوری، از این پس محموله‌های وارداتی این سازمان مشمول این مالیات خواهند شد.