، دیوان محاسبات کشور به ترک فعل و تخلف شورای عالی مناطق ویژه اقتصادی در صدور به موقع مجوزها رسیدگی می‌کند. به موجب ماده (۷) قانون تشکیل و اداره مناطق ویژه اقتصادی، صدور هرگونه مجوز برای فعالیت‌های اقتصادی، عمرانی، ساختمانی، فرهنگی، آموزشی و خدماتی صرفاً در چارچوب طرح جامع و کالبدی مصوب هر منطقه و با تصویب شورای عالی مناطق ویژه اقتصادی مجاز است. با این وجود، شورای عالی مناطق آزاد طرح‌های جامع را با وجود گذشت ۱۸ سال از الزام قانونی تصویب نکرده و این موجب شده سازمان‌های مناطق نسبت به صدور مستمر مجوزهای متعدد اقدام کنند که مصداق ترک فعل بوده و منجر به تخلف شده است.