وی همچنین عضو پیوسته فرهنگستان علوم پزشکی است

ریاست انجمن متخصصین علوم دارویی، ریاست انجمن متخصصین فارماکوگنوژی، دبیری فرهنگستان علوم در ۲ دوره (سالهای ۸۰ تا ۸۴ و ۹۴ تا ۹۵)، دبیری دبیرخانه مشترک فرهنگستان‌ها، دبیری کمیته فرهنگ و تمدن اسلام و ایران، ریاست مرکز فرهنگ، آداب و میراث پزشکی وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی، ریاست مرکز فرهنگ، آداب و میراث پزشکی وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی، ریاست دانشکده طب سنتی دانشگاه علوم پزشکی تهران، مدیرکل دفتر طب سنتی وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی و دبیری ستاد توسعه اقتصاد دانش بنیان گیاهان دارویی و طب سنتی معاونت علمی و فناوری ریاست جمهوری از جمله سوابق علمی-اجرایی آقای دکتر شمس اردکانی است.

پیش از این و از تاریخ ۷ دی ۱۴۰۰، با حکم دکتر رضا داوری اردکانی رئیس سابق فرهنگستان علوم، «دکتر رضا فرجی دانا» سمت دبیر فرهنگستان علوم را عهده دار بود.