خطیبی عضو هیئت علمی و معاون گروه فرهنگ‌نویسی فرهنگستان زبان و ادب فارسی و معاون سردبیر مجله«نامه ایران باستان»، نگارنده بیش از صد مقاله علمی به ویژه درباره شاهنامه در دانشنامه‌ها و مجلات تخصصی ادبی بوده و در تصحیح شاهنامه با جلال خالقی مطلق در جلد هفتم همکاری داشت.

او دریافت‌کننده جایزه حامیان نسخ خطی در آیین بزرگداشت حامیان نسخه‌های خطی در سوم آذر ماه ۱۳۸۴ به خاطر مقالهٔ «اصالت کهن‌ترین نسخه: فلورانس ۶۱۴ ه‍. ق» بوده‌است.

«شاهنامه، ابوالقاسم فردوسی: طبع انتقادی» به کوشش جلال خالقی مطلق و ابوالفضل خطیبی،  «برگزیدهٔ مقاله‌های نشر دانش دربارهٔ شاهنامه»، «تقدیرباوری در منظومه‌های حماسی فارسی (شاهنامه و ویس‌ورامین)»، هلمر رینگرن، ترجمهٔ ابوالفضل خطیبی، «یادداشتهای شاهنامه، بخش سوم» با همکاری جلال خالقی مطلق و محمود امیدسالار،  «به فرهنگ باشد روان تندرست: مقاله‌ها و نقدهای نامهٔ فرهنگستان دربارهٔ شاهنامه»به کوشش احمد سمیعی گیلانی و ابوالفضل خطیبی، به مناسبت همایش هزارهٔ شاهنامه در اردیبهشت‌ماه ۱۳۹۰، «جشن‌نامه دکتر فتح‌الله مجتبائی» به کوشش علی‌اشرف صادقی و ابوالفضل خطیبی، «فرامرزنامه بزرگ، از سراینده‌ای ناشناش در اواخر قرن پنجم هجری»به کوشش ماریولین فان زوتفِن و ابوالفضل خطیبی، «شبرنگ‌نامه: داستان شبرنگ پسر دیو سپید با رستم» از سراینده‌ای ناشناس احتمالاً در قرن ششم هجری، به کوشش ابوالفضل خطیبی و گابریله فَن دِن بِرخ و «آیا فردوسی محمود غزنوی را هجو گفت؟ هجونامهه منسوب به فردوسی: بررسی تحلیلی، تصحیح انتقادی و شرح بیت‌ها» از جمله آثار اوست.