داستان پرچم گنبد حرم مطهر رضوی به روایت اسناد تاریخی بدین شرح است که سال‌هاست در حرم مطهر امام رضا(ع) آئین‌ها و مراسم‌ بسیاری به صورت منظم برگزار می شود.

مراسمات حرم مطهر، گاه هر روزه است، مانند جاروکشی صحن‌ها و گاه مناسبتی است، مانند تعویض پرچم گنبد طلا، حین برگزاری هر یک از این برنامه‌ها، خادمان و زائران حرم، حال و هوای غریبی را در صحن و سرای غریب‌الغربا تجربه می‌کنند و خاطره‌ای به یادگار می‌برند.

به گفته مدیر گروه فرهنگ و سیره رضوی بنیاد پژوهش‌های اسلامی آستان قدس رضوی، تاریخ دقیق استفاده رسمی از پرچم در آستان قدس رضوی به درستی روشن نیست اما پس از آن که مامون در هنگام معرفی امام رضا(ع) به ولایت‌عهدی، رنگ سبز را جایگزین رنگ سیاه کرد، این رنگ به عنوان نماد حکومت‌های شیعی مرسوم شد.