به گزارش خبرگزاری موج، در فاصله میان فاجعه مدرسه فیضیه و ماه محرم (2 فروردین تا 4 خرداد 42) مبارزه امام اغلب در قالب صدور اعلامیه‌های متعدد بود. فرا رسیدن ماه محرم وضع را به یک رویارویی گسترده کشانید. ایام محرم بهترین موقع برای افشای جنایات رژیم و برنامه‌های ضد اسلامی شاه بود.

 ساواک که از جایگاه ویژه این ماه اطلاع داشت، پیش از آغاز آن، بسیاری از وعاظ را احضار و آنان را ملزم کرد که در محافل و مجالس: ''1-علیه شاه سخن نگویید. 2- علیه اسرائیل مطلبی نگویید. 3- مرتب به مردم نگویید که اسلام در خطر است."  

امام خمینی در نشستی با مراجع و علمای قم پیشنهاد کرد در روز عاشورا هر یک از آنها برای مردم و عزاداران حسینی سخنرانی کرده و از مظالم و جنایات رژیم پرده بردارند. امام خود نیز علیرغم تهدید رژیم، در ساعت 4 بعد از ظهر عاشورای 42 که مصادف با 13 خرداد آن سال بود در مدرسه فیضیه  سخنرانی کرد.

ایشان پس از بیان فجایع دلخراش کربلا، حمله دژخیمان شاه به فیضیه را به واقعه کربلا تشبیه کرد و آن فاجعه را به تحریک اسرائیل دانست و رژیم شاه رادست نشانده اسرائیل خواند.

امام همچنین با اشاره به التزام گرفتن ساواک از وعاظ که به شاه و اسرائیل بدگویی نکرده و نگویید اسلام در خطر است اظهار داشت: «تمام گرفتاریهای و اختلافات ما در همین سه موضوع است … اگر ما نگوئیم اسلام در خطر است آیا در معرض خطر نیست؟ اگر ما نگوییم شاه چنین و چنان است آیا این طور نیست؟ اگر ما نگوییم اسرائیل برای اسلام و مسلمین خطرناک است آیا خطرناک نیست؟ و اصولاً چه ارتباطی و تناسبی بین شاه و اسرائیل است که سازمان امنیت می گوید از شاه صحبت نکنید، از اسرائیل صحبت نکنید؟ آیا به نظر سازمان امنیت شاه اسرائیلی است؟»

سخنان کوبنده و افشا گرانه امام، شاه را پیش از پیش نزد مردم تحقیر و رسوا کرد. دو روز پس از این سخنرانی در سحرگاه 15 خرداد 1342 امام به دستور شاه در منزل مسکونی خود در قم دستگیر و بلافاصله به تهران منتقل شد وی را نخست در سلول انفرادی، زندانی و سپس به یک پادگان نظامی که تحت مراقبت کامل بود منتقل کردند.

به دنبال انتشار خبر بازداشت امام ، از نخستین ساعات روز 15خرداد، اعتراضات گسترده‌ای در قم، تهران، ورامین، مشهد و شیراز برگزار شد که با شعارهایی بر ضد شاه و در طرفداری از امام همراه بود.

مأموران نظامی که در نقاط مرکزی و حساس شهرهای قم و تهران مستقر بودند به روی تظاهر کنندگان آتش گشودند. مردم نیز با چوب‌ و سنگ به دفاع ازخود برخاستند. تظاهرات در آن روز و دو روز بعد نیز ادامه یافت و هزاران نفر از مردم کشته و مجروح شدند.

فجیع‌ترین حادثه، قتل عام دهقانان کفن‌پوش ورامینی بود که در پشتیبانی از امام راهی تهران شده بودند. مأموران نظامی در سر پل باقرآباد با آنها روبرو شده و با سلاحهای سنگین آنها را قتل عام کردند.

چند روز پس از دستگیری امام دهها نفر از مراجع و علمای ایران به عنوان اعتراض به دستگیری امام و اعلام پشتیبانی از وی، به تهران مهاجرت کردند. بر اثر اعتراض علما و فشار افکار عمومی سرانجام امام پس از دو ماه بازداشت در پادگان نظامی به منزلی در شمال شهرتهران منتقل گشت و تحت نظر قرار گرفت. از نخستین ساعات روز بعد مغازه داران تهران و شهرستانها به مناسبت آزادی نسبی امام بر سر در مغازه‌های خود پرچم نصب و چراغانی کردند .

شاه که تصور می‌کرد با سرکوب قیام 15 خرداد، دستگیری امام، کوتاه آمدن برخی از علما و از همه مهمتر شایعه  تفاهم ،  امام را منزوی ساخته است بتدریج برای عادی نشان دادن اوضاع حرکت کرد. از اینرو اسدا… علم را در 17 اسفند 42 برکنار ساخت و وانمود کرد او مسبب حوادث اخیر بوده و عزل وی به دنبال تفاهم با امام تحقق یافته است.