بر این اساس، بخش عمده ای از این محموله ها به ظن قاچاق در بررسی کنترل تردد حامل ها، توقیف و جهت تعیین تکلیف، مأموران نیروی انتظامی از طریق پنجره واحد گمرکی و سامانه جامع گمرکی موضوع را استعلام می کنند؛ در این میان قبل از راه اندازی سامانه جامع گمرکی و پنجره واحد تجارت فرامرزی فرآیند استعلام محموله هایی که به ظن قاچاق توقیف می شدند به صورت دستی و کاغذی انجام می شد که این موضوع، علاوه بر زمان بر بودن امکان جعل و سوء استفاده از اسناد کاغذی را فراهم می کرد.

یکی از مهمترین خدمات سامانه جامع گمرکی و پنجره واحد تجارت فرامرزی به امر مبارزه با قاچاق کالا، حذف پروانه های کاغذی و جایگزینی پروانه های الکترونیکی بود و با این اقدام احتمال جعل و سوء استفاده از پروانه های گمرکی به صفر رسیده است.

ثبت الکترونیکی تمامی فرآیندها از جمله اظهار صاحب کالا، مجوزهای سازمان های همجوار، اظهارنظر ارزیاب، کارشناس، ارزش گذاری، تعرفه کالایی و حتی مقصد بارگیری، پلاک کامیون، مشخصات راننده و انبار مقصد، از دیگر قابلیت های این سامانه است که حتی پس از ترخیص محموله نیز، امکان پیگیری سیستمی تخلفات احتمالی را فراهم می کند.