اصلاحات صورت گرفته در این طرح به شرح زیر است:

کمیسیون حقوقی و قضایی مجلس بر مصوبه قبلی مجلس در تبصره (۲) ماده (۴۰)  اصرار ورزید.
براساس اصلاحات صورت گرفته در ماده۴۰ این طرح، برای تشخیص هریک از موارد مندرج در بندهای (۱) تا (۳) ماده (۳۹) این قانون، موضوع در هیأتی مرکب از رئیس مرجع ثبت، بالاترین مقام دستگاه اجرائی ذی‌ربط (یا نمایندگان هریک از آنها) و یکی از قضات متخصص در این امر با انتخاب رئیس قوه‌ قضائیه، مطرح می‌شود. در صورت موافقت آن هیأت، دستگاه اجرائی یا اشخاص معین، بدون نیاز به موافقت مالک اختراع، از آن بهره‌برداری می‌کنند. به منظور انجام تمام وظایف اداری هیأت موضوع این ماده، دبیرخانه‌ای تحت ریاست رئیس مرجع ثبت در آن مرجع تشکیل می‌شود.

تبصره۱- تصمیم‌های هیأت لازم‌الاجراء بوده و ظرف بیست‌روز قابل اعتراض در مرجع صالح قضائی می‌باشد.
تبصره۲- پروانه بهره‌برداری اجباری اختراعات دفاعی را که سازمانهای دفاعی تقاضا کرده‌اند، توسط هیأتی به ریاست رئیس ستاد کل نیروهای مسلح یا نماینده وی و با عضویت نماینده وزیر دفاع و پشتیبانی نیروهای مسلح و رئیس سازمان دفاعی متقاضی صادر می‌شود. تصمیمات این هیأت قابل اعتراض نیست.

همچنین ماده ۷۱ این طرح به شرح زیر اصلاح شد:
ماده۷۱-در دعاوی مربوط به نقض حق اختراع، درصورتی که اختراع به صورت فرآورده باشد، بار اثبات نقض برعهده‌ مدعی نقض است، اما اگر اختراع به‌صورت فرآیند دستیابی به یک فرآورده باشد و مدعی نقض نتواند نقض حق اختراع خود را اثبات کند، چنانچه خوانده مدعی استفاده از فرآیند دیگری باشد یا به استناد دلایل متقن از جمله نظریه کارشناسی اطمینان‌آور فرآیند دیگری برای دستیابی به فرآورده مذکور به غیر از طریق فرآیند ثبت شده توسط مدعی نقض، وجود نداشته باشد و خوانده نتواند فرآیند مورد استفاده خود را ثابت کند، به نقض حق اختراع محکوم می‌شود.

همچنین با توجه به ایرادات گرفته شده توسط شورای نگهبان به ماده ۸۲ این طرح کمیسیون حقوقی و قضایی بر مصوبه قبلی مجلس اصرار ورزید.

در ماده ۸۲ این طرح آمده است که مفاد مواد (۳) تا (۱۰)، تبصره(۲) ماده(۱۲)، مواد (۱۳) تا (۱۵)، (۲۰) تا (۲۵)، (۲۹) تا (۳۳)، (۳۵)، (۳۶)، (۳۸)، بندهای (۱) تا (۳) ماده(۳۹)، مواد (۴۰) تا (۵۰)، (۵۳) تا (۶۳)، ماده(۶۴) و تبصره‌های (۱) و (۳) آن، مواد (۶۵) تا (۷۰)، صدر ماده(۷۱) و مواد (۷۲) و (۷۳) این قانون، حسب مورد در خصوص نمونه شیء مصرفی نیز مجری است.

تبصره۱- تمام مهلت‌های مربوط به ثبت نمونه شیء مصرفی، نصف مواعد ذکرشده درمورد فرآیند ثبت اختراعات است. مهلت‌های ده‌روزه، مشمول این تبصره نمی‌شود.
تبصره۲- مدت حق تقدم موضوع کنوانسیون پاریس برای حمایت از مالکیت صنعتی درخصوص نمونه شی مصرفی دوازده ماه می‌باشد.