به نقل از دیوان محاسبات کشور، با توجه به مجوزهای قانونی دولت برای مشارکت در تاسیس و حمایت مالی از نهادهای غیردولتی پژوهش و فناوری، تعداد این صندوق‌ها در سال‌های اخیر به بیش از ۷۰ مورد افزایش یافته و از منابع قابل‌توجهی شامل تسهیلات و کمک‌های دولتی بهره‌مند شده‌اند.

در نبود سازوکاری یکپارچه برای بررسی نحوه مصرف این منابع، دیوان محاسبات در راستای صیانت از منابع عمومی و با رویکرد اصلاح پیش از وقوع تخلف، بر ضابطه‌مندسازی این فرآیندها توسط معاونت علمی، فناوری و اقتصاد دانش‌بنیان ریاست‌جمهوری و ضرورت ارائه گزارش اقدامات انجام‌شده به این نهاد نظارتی، تاکید دارد.