، بولتون که اکنون از منتقدان سرسخت رئیس‌جمهور آمریکا به شمار می‌رود، پیش‌تر با ۱۸ اتهام مرتبط با سوءمدیریت اسناد محرمانه روبه‌رو شده بود و در ابتدا خود را بی‌گناه اعلام کرده بود.

به نوشته بی‌بی‌سی، وی روز جمعه به یک فقره اتهام نگهداری غیرقانونی اطلاعات محرمانه اعتراف کرد. اسناد نگهداری‌شده شامل یادداشت‌های روزانه‌ای بود که حاوی اطلاعات مربوط به دفاع ملی آمریکا بودند و بخشی از آن‌ها در سطح «فوق‌محرمانه» طبقه‌بندی شده بودند.

بولتون ممکن است با مجازات حداکثر پنج سال زندان روبه‌رو شود، هرچند رسانه‌های آمریکایی گزارش داده‌اند که توافق با دادستانی احتمالا موجب خواهد شد از مجازات حبس معاف شود.

پس از آنکه قاضی در جلسه دادگاه اتهامات، از جمله ارسال یادداشت‌های حاوی اطلاعات حساس برای اعضای خانواده بولتون را قرائت کرد، وی تایید کرد که این اتهامات درست هستند.

بولتون در سال ۲۰۱۹ از نخستین دولت ترامپ برکنار شد.

او در سال ۲۰۲۰ کتاب خاطرات خود با عنوان «اتاقی که در آن اتفاق افتاد» را منتشر کرد؛ کتابی که دوران همکاری‌اش با ترامپ را روایت می‌کند و در آن، ترامپ را رئیس‌جمهوری با آگاهی اندک از مسائل ژئوپلیتیکی توصیف کرده است.

کاخ سفید برای جلوگیری از انتشار این کتاب شکایت کرد و مدعی شد که کتاب حاوی اطلاعات محرمانه است و پیش از انتشار به‌طور کامل بررسی امنیتی نشده است.

با این حال، قاضی درخواست دولت را رد کرد و کتاب چند روز بعد منتشر شد.

پس از آن، وزارت دادگستری آمریکا تحقیقاتی را درباره این موضوع آغاز کرد که آیا بولتون با انتشار بخش‌هایی از اطلاعات محرمانه در کتاب خود، قوانین مربوط به حفاظت از اسناد طبقه‌بندی‌شده را نقض کرده است یا خیر.

بولتون همچنین متهم شد که بخشی از اطلاعات محرمانه دوران مسئولیت خود به‌عنوان مشاور امنیت ملی را برای دو نفر از بستگانش ارسال کرده است.

او در سال‌های پس از ترک دولت همچنان از منتقدان جدی ترامپ بوده است. در مقابل، ترامپ بارها گفته بود که بولتون باید به زندان برود.

در کیفرخواست آمده است که در مقطعی یک هکر به حساب کاربری بولتون، که اسناد در آن نگهداری می‌شد، دسترسی پیدا کرده و پیامی تهدیدآمیز ارسال کرده بود که در آن از ایجاد «بزرگ‌ترین رسوایی از زمان افشای ایمیل‌های هیلاری کلینتون» سخن گفته شده بود.

صدور کیفرخواست علیه بولتون پس از تشکیل چند پرونده جنجالی دیگر علیه منتقدان ترامپ از جمله «جیمز کومی» رئیس پیشین اف‌بی‌آی و «لتیشیا جیمز» دادستان کل ایالت نیویورک صورت گرفت.

اما دادستان‌های سابق فدرال و دیگر کارشناسان حقوقی به بی‌بی‌سی گفتند که پرونده بولتون به دلیل شواهدی که دادستان‌ها جمع‌آوری کرده‌اند، با پرونده‌های دیگر منتقدان ترامپ تفاوت دارد.

یکی از افراد آگاه از توافق بولتون با دادستانی به بی‌بی‌سی گفت: «سفیر به اقداماتی که انجام داده، اعتراف کرده است.»

این فرد افزود بولتون همچنین درک کرده بود که اگر به مبارزه حقوقی ادامه دهد، ممکن است «اطلاعات محرمانه بیشتری در جریان دفاع از او فاش شود» و او نمی‌خواست به ایالات متحده «آسیب» وارد کند.

بولتون پیش از پیوستن به دولت ترامپ، در دولت جورج دبلیو بوش به‌عنوان سفیر ایالات متحده در سازمان ملل متحد فعالیت می‌کرد. او همچنین از جمله مقام‌های سابق منتقد ترامپ بود که در ماه ژانویه، حفاظت امنیتی سرویس مخفی آمریکا از او سلب شد.