، در پیام حجت الاسلام والمسلمین سید محمد خاتمی آمده است: درگذشت تأسف‌انگیز چهره درخشان علم و فضیلت و تعلیم و تربیت، جناب استاد دکتر علی‌اصغر فانی موجب تأثر فراوان شد.

وی یادآور شد: این بزرگوار که از خدمتگزاران صدیق اسلام و انقلاب و ایران بود، نقش ممتازی در عرصه آموزش و پرورش و تعلیم و تربیت داشت و خدمات ارزنده او همواره مورد تقدیر آنان که انقلاب و ایران را پاس می‌دارند، خواهد بود.

رئیس دولت اصلاحات در پایان پیام خود آورده است: من مصیبت دردناک درگذشت ایشان را به همه اصحاب فضیلت و فرهنگ، به خصوص اصحاب گرامی آموزش و پرورش و به اخص دوستان، یاران و شاگردان او، به خصوص به خاندان شریف فانی و بستگان داغدار ایشان تسلیت می‌گویم و از پیشگاه حضرت پروردگار برای روان پاک ایشان آمرزش و رحمت و علوّ درجات و برای بازماندگان معزّز صبر و اجر و سلامتی مسألت می‌کنم.