به نقل از اداره کل روابط عمومی و امور بین الملل دیوان محاسبات کشور، بررسی های اخیر این نهاد نظارتی در خصوص عملکرد شرکت کیش ایر نشان می دهد عدم تصمیم گیری مناسب مجمع شرکت، موجب بلاتکلیفی ۶ ساله در واگذاری سهام به بخش خصوصی و عدم توجه به جذب سرمایه گذاری در منطقه آزاد کیش فارغ از بحث واگذاری آن شده است.

ضمنا عمده اموال شرکت از طریق منطقه آزاد کیش، موجب تسویه و تهاتر سود توزیعی سهم منطقه آزاد با ارزش دفتری اموال شرکت معادل ۶۰ میلیارد تومان علی رغم تامین منابع ریالی آن توسط شرکت گردیده است.

بر اساس این گزارش با وجود اهتمام مدیریت شرکت در اداره این مجموعه عملا مشکلات ساختاری موجب کاهش بهره وری گردیده است.