رهبر انقلاب اسلامی با تأکید بر انجام پژوهش و تحقیقات در قالب کار گروهی و همچنین لزوم همکاری مراکز و گروه‌های مختلفی که در موضوع هدایت علوم انسانی به سوی آموزه‌های اسلامی در حال تحقیق و فعالیت هستند، افزودند: علاوه بر محققان داخلی، برخی متفکران جهان اسلام در حال مطالعه و پژوهش در خصوص علوم انسانی اسلامی هستند که باید مراکزی همچون جامعة‌المصطفی با شناسایی این افراد و آثارشان، زمینه همکاری و همبستگی متقابل را در سطح وسیع بین‌المللی شکل بدهند.

ایشان همچنین با تأکید بر افزایش کیفیت پژوهش‌های علمی و ابراز امیدواری در خصوص تولید مقالات راهگشا و پر مغز در کنگره قرآن و علوم‌انسانی، برخی آثار و تولیدات فضلای جوان و نواندیش قم را بسیار با ارزش، امیدوارکننده و نویدبخش آغاز یک حرکت عمومی و رو به جلو در پژوهش‌های حوزوی دانستند.