، بر اساس تصویب هیات وزیران، اعتبارات دانشگاه‌ها، مؤسسات و پارک‌ها حسب مورد بر اساس شاخص‌های آموزشی، پژوهشی، فناوری، فرهنگی و رفاهی و پشتیبانی باهدف ارتقای کیفیت و مدیریت منابع به شرح زیر تعیین می‌شود.

۱- شاخص‌های آموزشی مبتنی بر هزینه- سرانه دانشجو در سنوات مجاز تحصیل در گروه‌ها، نوع رشته‌ها، مقاطع تحصیلی و مناطق جغرافیایی، نسبت دانشجو به هیات‌علمی، نسبت کارکنان به هیات علمی، تعداد دانشجویان غیربومی و پراکندگی پردیس دانشگاه‌ها، نرخ خدمات محلی، هزینه آموزش در عرصه بهداشتی-درمانی، سرانه مراکز مهارت‌های بالینی، سرانه دروس مهارتی، رتبه‌بندی و اعتباربخشی موسسه و دانشگاه در نظر گرفته می‌شود.

۲- شاخص‌های پژوهشی شامل سرانه برون‌دادهای علمی، تعداد مقالات خارجی و داخلی، ضریب تأثیر نشریات واستناد مقالات، تعداد اعضای هیات علمی پراستناد و یک‌ درصد در رشته و عملکرد دانشگاه، مؤسسه و پارک در جذب درآمد از طریق انعقاد قراردادهای مطالعاتی، فناورانه و قراردادهای منجر به ایجاد حق مالکیت معنوی، ثبت اختراع، طرح‌های تحقیقاتی ملی و بین المللی است.

۳- شاخص‌های فناوری شامل تعداد شرکت یا واحد فناور در سنوات مجاز (زیر ۳ سال)، هر واحد اشتغال دارای بیمه و میزان درآمد شرکتهای مستقر از فروش داخلی یا صادرات است.

۴- شاخص‌های فرهنگی و رفاهی دانشجویی

۵- سهم هزینه‌های اداری و پشتیبانی شامل هزینه‌های اداره ستاد دانشگاه اعم از هزینه‌های نگهداری و تعمیرات جزئی و لوازم و ملزومات مصرفی اداری است.

ماده ۳- تعیین ضرایب و وزن هریک از شاخص‌های موضوع ماده (۲) این آیین‌نامه و بندهای ذیل آن، سالانه پس از ابلاغ بخشنامه بودجه سنواتی توسط کارگروهی با مسئولیت سازمان، نمایندگان وزارتین و نمایندگان دستگاه‌های ذیربط (حسب دستور کار کارگروه مذکور) تعیین وبا امضای مشترک وزرای علوم، تحقیقات وفناوری وبهداشت، درمان وآموزش پزشکی ابلاغ می‌شود.

ماده ۴- وزارتین (علوم و بهداشت) مکلف اند هر ساله اطلاعات مورد نیاز برای اجرای این آیین‌نامه را تهیه و حداکثر تا پایان آبانماه به صورت رسمی به سازمان ابلاغ کنند.

ماده ۵- وزارتخانه‌ها مکلف اند گزارش پایش سالانه عملکرد شاخص دانشگاه/ مؤسسه/پارک را به سازمان ارائه کنند.

ماده ۶- وزارتخانه‌ها مکلف اند در راستای اصلاح نظام تأمین مالی هزینه‌های تحصیلات عالی، اقدامات قانونی لازم برای تحقق اهداف آمایش آموزش عالی، تنظیم ارتباط تحصیل واشتغال، ارتقای پاسخگویی دانشگاه‌ها و موسسات آموزشعالی و پژوهش و فناوری به نیازهای بازار کار و تقاضای اجتماعی، افزایش جذابیت تحصیل در رشته‌های دارای اولویت کشور و حذف رشته‌های غیر ضرور را با رعایت اصل سام (۳۰) قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران به عمل آورده و نتایج اقدامات و پیشنهادهای خود را جهت بررسی و بازنگری در الگوی توزیع به سازمان اعلام کنند.